Su nombre se debe al rey Fernando VI, el cual pasaba largas temporadas en el municipio.

La ciudad ha visto asombrada la llegada de la Industrialización, cómo el Castillo de Aldovea (construido a finales del siglo XI) se convertía en negocio hostelero, y la llegada de ensanfernandodehenares.es, una web indispensable para los sanfernandinos desde su apertura en verano de 2009.